Seu /etc/mkinitcpio.conf precisa ser assim:
HOOKS="... keyboard keymap encrypt..."
Você precisa carregar o mapa de chaves durante a inicialização, o que é feito por um gancho mkinitcpio. Certifique-se de que o gancho keymap ou sd-vconsole (dependendo se você usa ganchos de estilo sd- *) ocorra antes de criptografar / sd-criptografar e gerar novamente seu initrd.