Como o @Lucas mencionou, o LUKS seria preferível ao eCryptfs para isso, mas sim, você pode facilmente redimensionar um arquivo de imagem do ext4. Você pode usar truncate -s xxx file
para alterar o tamanho do arquivo e, em seguida, losetup -c /dev/loopX
para atualizar a idéia do tamanho do driver (ou desmontá-lo e remontá-lo) e, em seguida, resize2fs
para expandi-lo. Para encolher, ele deve ser desmontado e você resize2fs
antes de reduzir o tamanho do arquivo. Apenas tome cuidado para não reduzir o arquivo menor que resize2fs
para o tamanho do sistema de arquivos.