Eu usei o comando shutdown -h 12:55 (por exemplo) e o servidor linux foi encerrado neste momento, mas quando estou tentando me conectar ao ssh, recebo a mensagem:
"The system is going down on Thu Dec 31 12:56:30 2015".
É um problema ssh porque quando eu acesso o servidor fisicamente eu posso digitar qualquer comando.
Da página de manual de shutdown :
If the time argument is used, 5 minutes before the system goes down the
/run/nologinfile is created to ensure that further logins shall not be allowed.
Então, você tem um horário errado ou o arquivo persistiu durante o desligamento por algum motivo e, se você excluí-lo, deverá ficar bem.