Você pode envolver seu daemon python em um script de shell. Quando você iniciar pela primeira vez, verifique se o processo já está em execução:
pid=$(cat pid.file)
ps -ef | grep $pid | grep <command to start daemon>
if [[ $? -eq 0 ]]; then
echo "daemon already running" & exit 1
else
<command to start daemon> & \
echo $! > pid.file
fi