Você parece estar usando os mesmos initramfs para ambos os kernels. O initramfs contém módulos do kernel que podem precisar ser carregados a partir daí, e dependendo das diferenças de configuração do kernel, isso pode ou não ser um problema.
Geralmente, considero dois kernels "compatíveis" apenas se forem produzidos na mesma árvore de fontes, e os módulos não foram recompilados na segunda compilação do kernel. Assim, habilitar um módulo adicional (que não resulta na recompilação dos módulos existentes) resulta em um kernel "compatível", ao passo que alterar um sinalizador CONFIG que faz com que os módulos existentes sejam recompilados resulta em um kernel "incompatível". Misturar módulos entre kernels incompatíveis pode ser um problema. Portanto, você precisa gerar um novo initramfs para alterações de configuração de kernel incompatíveis. Além disso, ter dois kernels incompatíveis com a mesma cadeia de versão instalada na mesma máquina ao mesmo tempo pode causar problemas, pois /lib/modules/<version>
seria um único local para os módulos de ambos os kernels - mas você pode colocar os módulos de apenas um deles lá ... Você pode adicionar uma string na raiz Makefile da árvore do kernel depois de EXTRAVERSION=
para tornar a sua versão do kernel única.