Em um sistema debian amd64, a arquitetura i386 é um extra opcional. Nenhum pacote i386 é necessário para o sistema funcionar.
Se você não estiver usando nenhum programa de 32 bits, poderá remover com segurança todos: pacotes i386 e a arquitetura i386.
Pessoalmente, eu não me incomodaria em removê-los, a menos que o espaço em disco fosse extremamente apertado. Os pacotes i386 não causam danos e você pode querer executar o software de 32 bits novamente no futuro.