Supondo que os nomes de arquivos e diretórios não tenham novas linhas neles:
diff <(cd alpha ; find . -type f) <(cd beta; find . -type f)
Os comandos find listam os arquivos nos diretórios que o cd alterou e o diff compara as listagens. A saída parece com:
1c1,2
< ./b/c/file.x
---
> ./b/c/file.d
> ./b/c/file.e
com < indicando arquivos apenas em alfa e > somente em beta