Você tem duas 'pranchetas' no Linux.
O primeiro é aquele do qual você fala, onde você seleciona o texto e é colado através de SHIFT INSERIR ou Mouse Médio . Esta prancheta / buffer é muito volúvel e muda constantemente. Tenha cuidado ao usar isso, especialmente com clientes de chat, porque um dia você vai colar sua senha no IRC.
O segundo é o padrão CTRL C e CTRL V , ou selecionando Cópia ou Cole em um menu. Esta área de transferência / buffer não é sobrescrita pela anterior e deve ser usada como uma área de transferência mais confiável.
Minha recomendação é utilizar a segunda versão da área de transferência com mais frequência.