Se você classificasse seus arquivos anteriormente, você poderia fazer de uma maneira simples:
$ join file2 file1
ENSG00000223116 0 0 AL157931.1
ENSG00000233440 1.71449394 50 HMGA1P6
Para classificar seus arquivos, faça o seguinte:
sort file1.txt > file1
sort file2.txt > file2