Ok, eu achei que mesmo que eu estivesse configurando gksu para usar sudo para autenticação, isso era irrelevante, pois os atalhos que eu estava usando no menu do Xfce estavam iniciando aplicativos usando polkit e não gksu .
Do Wiki do Gentoo no polkit , eu fiz:
sudo bash -c "cat > /etc/polkit-1/rules.d/10-admin.rules" <<EOL
polkit.addAdminRule(function(action, subject) {
return ["unix-group:wheel"];
});
EOL
... e isso permite que eu inicie aplicativos que precisem de privilégios de root inserindo a senha my no estilo sudo.