As versões atuais de util-linux de fdisk suportam GPT, a que estou vendo aqui é fdisk from util-linux 2.24.2 (relatada via fdisk -v ).
Execute fdisk /dev/whatever . Dê uma olhada nas opções com m . Observe que estas alterações dependem do estado da tabela de partições. Primeiro verifique em que estado o disco está atualmente com p . Observe o Disklabel type ; se for gpt você não precisa fazer nada, pode excluir as partições existentes e começar a criar as suas próprias.
Se não, use a opção g . Isso eliminará as partições existentes porque fdisk não converte a tabela MBR. Agora você pode começar a adicionar partições com n . Para a partição EFI, use t para definir o tipo como 1 , então a tabela deve ler, por exemplo,
Device Start End Size Type
/dev/sdb1 256 122096640 465.8G EFI System
Obviamente isso é um pouco bobo, mas esperamos que o ponto esteja claro. Nenhuma das suas alterações entrará em vigor até você usar w e sair.