Tem sido minha experiência que não, createrepo
não pode percorrer recursivamente uma árvore de diretórios. Você, portanto, tem que achatar a estrutura de diretórios do repo. Eu costumo usar esse tipo de construção de loop no meu script de construção de repo.
destdir="/path/to/my/yum-repos/Fedora/14"
for arch in i386 x86_64 noarch; do
printf "\n\n==== creating repo: %-50s [%-s]\n" $destdir $arch
pushd ${destdir}/${arch} >/dev/null 2>&1
createrepo -dp .
popd >/dev/null 2>&1
done