Eu não posso te dizer como fazer isso, mas namespaces é o caminho a percorrer. Estes são novos-ish. o kernel Linux suporta-os, e acho que ouvi dizer que eles estão em outros kernels.
en.wikipedia.org/wiki/Cgroups#Namespace_isolation no kernel do Linux existem namespaces, você pode ocultar montagens e outros recursos. É frequentemente usado com cgroups para criar máquinas virtuais leves (Então todos os sistemas operacionais usam o mesmo kernel). Mas também pode ser usado para o que você está tentando fazer.
Tenha cuidado, quando eu joguei com eles, precisei de privilégios de root para usá-los (isso não é estritamente verdadeiro, veja os recursos - privilégios refinados, para fazer o que tradicionalmente requer root). Portanto, qualquer ferramenta que você criar deve eliminar esses privilégios / capacidades quando tiver configurado o namespace.