Se myExe estiver em ./ e o padrão for gravar 4 arquivos em ./ , mas você preferir esses 4 arquivos em /myfolder , poderá fazê-lo:
(cd /myfolder && "$OLDPWD/myExe" params)
... que ainda gravará esses 4 arquivos em ./ , mas alterará o valor de ./ para /myfolder apenas para o tempo que leva para ./myExe escrevê-los.