Consegui restaurar a pasta usando o cliente da linha de comando SpiderOak.
SpiderOak --tree-changelog
fornece uma lista de todos os arquivos e pastas adicionados, movidos e excluídos, incluindo um ID exclusivo (número de 4 dígitos no meu caso) para essas operações. Em seguida, usei SpiderOak --restore=$uniqueID --verbose
e a pasta foi baixada para o diretório que eu havia especificado anteriormente como meu diretório de downloads do SpiderOak.
Ainda não tenho certeza de como foi deletado ou porque ele não apareceu como deletado na GUI SpiderOak, mas estou muito feliz que esteja de volta =) Eu mudei o título um pouco para ajudar outros procurando por soluções similares.