Você pode atacar isso de várias maneiras.
Método 1 - alias
Você pode criar um alias, php=php-5.4 e, em seguida, tentar executar seu script. Supondo que ele dependa da capacidade atual dos shells para localizar como executar as coisas, ele deve coletar o alias para php em vez do php localizado em /usr/bin .
Método # 2 - $ PATH
Você pode substituir a precendência de onde os shells localizam os executáveis manipulando a variável de ambiente $PATH . Basta adicionar a localização de algum outro diretório à frente do $PATH .
export PATH=/path/to/newdir:$PATH
Agora coloque um script de shell ou um link nesse diretório chamado php . Aqui está o script:
#!/bin/bash
php-5.4 $*
Aqui está o link:
$ cd /path/to/newdir
$ ln -s /usr/bin/php-5.4 php