Eu também estava usando o bumblebee ao postar esta pergunta. Mudando para a nvidia apenas, eu não tenho mais esse problema.
Rodando o Kubuntu 16.04 com nvidia-367, estou passando por falhas de redesenho, especialmente no meu monitor externo (conectado com VGA). Ao rolar, é claramente visível que a janela é desenhada a partir de dois triângulos, e a linha diagonal que conecta os dois é aparente. O efeito é menos visível na tela do laptop de 1920x1080 do que no monitor externo de 1680x1050, mas está presente em ambos.
Por exemplo, acontece ao rolar pela janela maximizada do navegador ou ao rolar um PDF no Okular; mas também outras vezes.
Não vejo o mesmo sintoma ao usar os drivers gráficos padrão.
Eu tentei alterar as configurações do compositor em "Configurações do sistema". Estou usando o método de escala "Preciso", o "OpenGL 3.1" que faz o backend com o "GLX". Eu tentei todas as configurações diferentes para o vsync.
Este é um problema conhecido?
Pequena atualização: instalei o Plasma 5.8 (do backports do Kubuntu) e o nvidia-340. (Depois de fazer isso eu tive que substituir sddm com lightdm porque o sddm iria se separar com os drivers nvidia instalados.) Agora eu tenho o mesmo problema, mas no monitor do laptop (LVDS-1-1) em vez do monitor externo (VGA-1- 1).
Eu também estava usando o bumblebee ao postar esta pergunta. Mudando para a nvidia apenas, eu não tenho mais esse problema.
Tente isto: Problemas gráficos depois / durante a instalação do Ubuntu 16.04 / 16.10 com gráficos NVIDIA
Seguindo a resposta:
sudo apt-get purge nvidia-*
sudo add-apt-repository ppa:graphics-drivers/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install nvidia-378