O problema provavelmente está no uso do sinal -a no rsync.
Isso equivale a um conjunto de outras opções, incluindo -t , que preserva o tempo de modificação dos arquivos.
Como você não reinicia o aplicativo na máquina de destino, agora depende da máquina que está relendo alguns ou todos os arquivos ou não, dependendo do aplicativo e se esses arquivos são observados como alterados.
Você tenta usar -rlpgoD em vez de -a . O timestamp "errado" dos arquivos transferidos no rsync anterior (mas não no atual), não deve causar nenhum problema, rsync é inteligente o suficiente para perceber que o conteúdo é o mesmo, mesmo que os timestamps não sejam.
Se você estivesse usando a opção --in-place , provavelmente encontraria mais problemas.