pkg praticamente ainda contém um instantâneo do que quer que esteja nas portas, então sim, como você deve ter notado, as portas ficam temporariamente "desativadas" se um problema de segurança realmente crítico for encontrado até ser resolvido, o que refletiria no pacote .
pkg também é uma compilação de portas com as opções padrão, e é por isso que não posso usá-lo para todas as minhas necessidades, mas tento usá-lo sempre que possível e apenas criar um conjunto mínimo de software a partir de portas com as opções personalizadas que eu preciso - o resto eu recebo de pkg .
tl; dr: você pode depender disso