awk
suporta o redirecionamento direto de arquivos em sua sintaxe.
awk 'BEGIN{prev=""} {if($1==prev) { print $0 > "duplicates.txt"} else { print $0 > "originals.txt"}; prev=$1; }' file.txt
Eu assumi que o arquivo já está classificado. Se não for, fica muito mais difícil.
EDIT: isso é melhor?
awk 'BEGIN{prev=""; prevfull=""}
$1==prev{ if(prevfull!=""){print prevfull > "duplicates.txt"; prevfull=""}; print > "duplicates.txt"}
$1!=prev{ if(prevfull!=""){print prevfull > "originals.txt"}; prevfull=$0}
{prev=$1; } END{print prevfull}' file.txt
Pode definitivamente ser feito melhor (os ifs definitivamente não são ideais), mas mostra a ideia geral.