É porque na verdade existem duas pranchetas: o GNOME tem uma e o X.org tem uma.
Você pode colar o texto que está na área de transferência do GNOME clicando com o botão direito do mouse em uma área de texto e selecionando "colar".
A área de transferência do X funciona da seguinte forma: quando você seleciona texto mantendo o botão esquerdo do mouse pressionado e move o mouse, ele é copiado para a área de transferência do X. Depois, você pode colá-lo clicando no botão do meio do mouse.
Trecho de área de transferência da página wiki do archlinux :
Of the three selections, users should only be concerned with PRIMARY and CLIPBOARD. SECONDARY is only used inconsistently and was intended as an alternate to PRIMARY. Different applications may treat PRIMARY and CLIPBOARD differently; however, there is a degree of consensus that CLIPBOARD should be used for Windows-style clipboard operations, while PRIMARY should exist as a "quick" option, where text can be selected using the mouse or keyboard, then pasted using the middle mouse button (or some emulation of it).
Portanto, a área de transferência do GNOME é do tipo CLIPBOARD e a área de transferência do X é do tipo PRIMARY.
Exclua o conteúdo da área de transferência do X
Trecho da página de manual do xclip :
-i, -in
read text into X selection from standard input or files (default)
Portanto, para limpar o conteúdo da área de transferência do X, use o seguinte comando:
$ xclip -i /dev/null
Exclua o conteúdo da área de transferência CLIPBOARD (área de transferência do GNOME)
$ touch blank
$ xclip -selection clipboard blank