Não há diferença entre o envio de e-mails pelo comando de e-mail ou por qualquer outro programa. Como tal, um e-mail enviado via mail (1) não é mais nem menos provável de ser identificado como spam.
(Gostaria de acrescentar que esta é a maneira padrão em que muitas tarefas não-cron enviam seus e-mails, mas não tenho nenhuma evidência para fazer isso.)
Para evitar que seu e-mail seja visto como spam: verifique se seu e-mail não se parece com spam. Por exemplo. não apenas um link HTML, não apenas uma imagem. Nenhuma ortografia. Origens válidas. Etc etc. Não são específicos do comando mail.