Normalmente em execução
./configure
antes de executar make deve configurar as coisas corretamente, mas neste outono parece não ser o caso.
O Python 3.3.X coloca seus arquivos de cabeçalho em .../include/Python3.3m , enquanto o 2.7.x usa .../include/python2.7 (sem nenhum sufixo), talvez omniORB não esteja ciente (ainda) desse sufixo m .
Você pode criar um link de python3.3m para python3.3 usando:
cd /usr/include
ln -s python3.3m python3.3
e repita o processo de compilação (isso pressupõe que o python3.3 foi configurado usando --prefix=/usr , adapte o cd conforme necessário).