Quando você digita sua senha para instalar um programa, sua senha é lida por sudo . O Sudo é um programa privilegiado que executa outros programas como root, mas só aceita fazê-lo quando chamado por usuários que tenham sido autorizados a fazer isso. Esses usuários são comumente conhecidos como "sudoers". O programa de instalação do Ubuntu cria uma primeira conta de usuário e a torna um sudoer. Você pode configurar outras contas para serem sudoers, concedendo-lhes privilégios de administrador na GUI de administração de usuários.
O Sudo pede sua senha para confirmar se você está no teclado. Isso tem dois benefícios: alguém passando enquanto sua volta está voltada não será capaz de realizar tarefas de administração, e você recebe algum feedback da interface de usuário que está prestes a mudar a configuração do seu sistema.
Sudo executa o programa de instalação como root. Isso não significa que o programa será executado como root. Toda a instalação normal do programa é executada pelo root, porque somente o root pode gravar nos diretórios do sistema e modificar o banco de dados dos pacotes instalados. Com pouquíssimas exceções ( programas setuid ou setgid ), quando você executa o programa, ele é executado exatamente com os mesmos privilégios que você já tem - porque "seus privilégios" na verdade significa "os privilégios dos processos que estão sendo executados em sua sessão".
Por padrão, o Ubuntu não define uma senha para a conta root. Isso é mais uma questão de usabilidade do que segurança. O principal benefício de não ter uma senha separada é que os usuários não precisam se lembrar de várias senhas.
Definir uma senha para a conta raiz não tem nenhum benefício para proteger contra malware. Se você tem malware em sua máquina, ele pode espionar tudo o que você faz, inclusive digitar sua senha. Pode até falsificar um prompt de senha. Não importa se você acabou digitando a senha da sua conta ou a senha do root: assim que o malware é executado na sua máquina, você perdeu: não é mais a sua máquina, mas o do invasor.
Felizmente, no Linux, é bastante fácil permanecer livre de malware. Stick para programas que são fornecidos pela sua distribuição. O Ubuntu possui uma extensa coleção, portanto, não há muitas tarefas que exijam a obtenção de software de outras fontes. Esses programas são examinados por muitas pessoas, e se alguém descobrir que contém malware ou ter uma vulnerabilidade de segurança, isso será corrigido em uma atualização de segurança.