"A maioria destes parece ser vários lances de Nepomuk." Mas você matou todos deles, não apenas os do Nepomuk. Assim, algum outro processo deve ter sido pego na briga - presumivelmente um crítico para o KDE, sem o qual o gerenciador de janelas ou o gerenciador de sessão caiu, possivelmente o gerenciador de janelas ou o próprio gerenciador de sessão.
Se você não tiver feito login novamente, verifique o arquivo ~/.xsession-errors
, ele pode ter uma mensagem relevante perto do final. Além disso, não espero que você consiga encontrar traços úteis do que acontece. Da próxima vez, verifique o que você está matando antes de matá-lo.