Eu não sei como você pode detectar fontes corrompidas, mas como os arquivos de fonte são apenas arquivos como qualquer outro, você pode pesquisar em seu diretório e verificar se há md5sums duplicados para encontrar as duplicatas.
Isso pode ser roteirizado com bastante facilidade, por exemplo, em Perl:
find /usr/share/fonts -type f -exec md5sum '{}' + |
perl -lane 'push @{$k{shift(@F)}, @F;
END{
map{
if($#{$k{$_}}>1){print; print for @{$k{$_}}}
}keys(%k)
}'
Eu criei 4 fontes duplicadas no meu sistema e obtive esta saída:
/usr/share/fonts/truetype/mine/dup3.tiff
/usr/share/fonts/truetype/mine/dup1.iff
/usr/share/fonts/truetype/mine/dup2.tiff
/usr/share/fonts/truetype/mine/original.tiff
/usr/share/fonts/X11/Type1/encodings.dir
/usr/share/fonts/X11/75dpi/encodings.dir
/usr/share/fonts/X11/100dpi/encodings.dir
Ainda assim, se tudo o que você fizer é encontrar arquivos duplicados, existem programas muito mais sofisticados que podem lidar com isso melhor e mais rapidamente. Veja as respostas aqui .