Ter partições que não terminam em limites de cilindros pode colocar em fase alguns sistemas operacionais delicados e seus programas de particionamento. Seu disco só tem partições Linux, então presumo que você esteja apenas usando o Linux; O Linux não se importa.
Se o seu disco tiver setores de 4kB, você obterá um melhor desempenho se suas partições estiverem alinhadas a 4kB. Isso é difícil de conseguir após o fato, mas felizmente, todas as suas partições já têm alinhamento de 4kB.