Os arquivos são baixados em /var/cache/apt/archives/ juntamente com outros pacotes deb baixados. Para limpar esta pasta, execute apt-get clean como root.
Aqui está a situação. No Gerenciador de Pacotes Synaptic, suponha que eu queira baixar arquivos de pacotes de package_name. Eu sigo os seguintes passos: Selecione package_name > Marque para instalação > Aceitar o diálogo de instalação de pacote adicional necessário (se houver) > Aplique. Em seguida, um prompt mostra qual pacote será instalado, atualizado e removido. Há também uma caixa de seleção "Download Only". Eu marquei e clique em OK. Então termina de baixar os pacotes depois de alguns minutos. Minha pergunta é: para onde vai o pacote baixado?