configure é essencialmente um script de shell autoinicializado a partir de macros M4, portanto, você pode usar $* para pegar todos os argumentos para ./configure . De acordo com o manual do autoconf , você deve fazer isso logo após AC_INIT , por exemplo :
AC_INIT([My Program], 1.0, ...)
config_flags="$*"
AC_DEFINE_UNQUOTED([CONFIG_FLAGS],["$config_flags"],[Flags passed to configure])
Isto irá #define CONFIG_FLAGS em config.h.