Isto parece-me ser um erro no align.c 2.6.39 e anterior em relação ao GCC > = 4.6. Eu estou supondo que você está construindo um Fedora recente que tem o GCC 4.6 como o GCC padrão instalado. O bug não deve aparecer usando o GCC < 4,6 IMHO.
A variável "instrução" é declarada na linha 704 e inicializada em zero. É então re-atribuído na linha 746. Esta reatribuição não é suficiente para silenciar o aviso do gcc. Eu verifiquei esse comportamento compilando
int main()
{
int i = 0;
i = 4;
return 1;
}
com /usr/local/gcc-4.7.0/bin/gcc -Wall -o test test.c
e obtido
test.c:3:6: warning: variable ‘i’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]
A variável "instrução" é referenciada apenas no código que é ifdef'ed CONFIG_VSX, de modo que se você não tiver o CONFIG_VSX configurado, você verá este problema ao compilar com o GCC > = 4.6. A configuração do CONFIG_VSX deve resolver o problema. Se não é isso que você quer, tente configurar CONFIG_PPC_DISABLE_WERROR em menuconfig ou use estas instruções para ajudá-lo a desligar o -Werror ou corrigir o código.
Se você corrigir o código, considere submetê-lo ao kernel.org, pois vejo que este bug ainda existe em 3.3