O problema é que o MKV não é um codec, mas apenas um contêiner. Imagine que é apenas um arquivo .TAR, com arquivos para uma ou mais faixas de áudio, vídeo e legendas.
Você precisa descobrir qual formato é o áudio e o vídeo no arquivo MKV.
Instale o pacote mkvtoolnix e use mkvinfo-gui (ou mkvinfo para a versão do console) para descobrir isso e, em seguida, instale os codecs.
Além disso, achei o VLC um ótimo jogador. Ele funciona muito bem assim que você tiver todos os codecs necessários; -)