Eu gosto de manter coisas assim sob controle de versão, então eu prefiro soluções baseadas em texto (você mencionou o gedit, por exemplo).
Acho simples o texto ser muito limitante e não muito amigável para pessoas não-técnicas, então eu uso textos reestruturados (você pode usar markdown, ou qualquer outra forma de marcação leve que prefira) e pandoc ( sudo apt-get install pandoc ) - O pandoc converte entre vários formatos de texto e pode gerar HTML, PDF (via LaTeX) e vários formatos de processadores de texto.
Se você tiver muita documentação, considere o uso de Esfinge (python: pip install -U Sphinx ) - também usa texto reestruturado - mas o Sphinx provavelmente seria um exagero se você estivesse preocupado apenas com um log de soluções.