Can I be sure that if I reinstall my OS and encrypt my home directory I can be safe even if someone detachs my hard-drive and connects it to his/her PC?
Principalmente, sim (estou assumindo que seus invasores não seriam sofisticados o suficiente). Mas desde que você está reinstalando o sistema operacional, você deve criptografar todo o disco. O LUKS torna isso fácil de fazer, basta selecionar a opção apropriada durante a instalação.
Observe que o administrador da sua rede ainda poderá ver quais sites você visita, os e-mails que você envia, etc. Eu recomendaria evitar deixar qualquer senha e conteúdo não relacionado ao trabalho em seu computador.