Você poderia usar um loop de matriz aninhado, como este
#!/bin/bash
array_0=(one two three four five)
array_1=(x y z)
for a0 in "${array_0[@]}"
do
for a1 in "${array_1[@]}"
do
mkdir -p "$HOME/web/$a0/$a1"
done
done
Ou, se você não se importar em evitar o uso de matrizes, mas usar listas de expansão, esse único comando fará praticamente a mesma coisa:
mkdir -p ~/{one,two,three,four,five}/{x,y,z}