Crie um arquivo /etc/vnc/xstartup
com o seguinte conteúdo:
#!/bin/bash
unset SESSION_MANAGER
exec /etc/X11/xinit/xinitrc
E conceda as permissões de leitura e execução a todos os usuários:
chmod 0755 /etc/vnc/xstartup
Então este script será executado pelo servidor vnc de qualquer usuário