Acho que o que você está procurando é du . A execução de du -s <directory> mostra muito espaço em disco usado pelo conteúdo de um diretório. du também pode contar os tamanhos de cada arquivo no diretório individualmente e informar o tamanho total do conteúdo:
du -s --apparent-size <directory>
Se você quiser saber a quantidade de espaço "desperdiçado" resultante da alocação em blocos, basta subtrair o resultado do segundo comando do primeiro.
Nota: --apparent-size informa o tamanho em kilobytes. Você pode usar o -b flag, se quiser saber o número exato de bytes que um arquivo contém. Isso é útil se você quiser saber quantos bytes (sem cabeçalhos e outros) você precisaria enviar pela rede para entregar o arquivo, por exemplo.