Defina LD_LIBRARY_PATH corretamente

Question

Estou usando o Docker com a imagem do Ubuntu 16.04. Estou usando esta janela de encaixe para executar:

• Importe classes C ++ em python com a ajuda de boost.python
• Importe o pacote python do matlab em python com a ajuda do Matlab Runtime (MCR).

Antes de instalar o MCR na janela de encaixe, instalei o boost usando:

$ sudo apt-get install -y libboost-all-dev

e eu consegui incluir classes em C ++ e chamá-las em python. Então eu instalei o MCR e um dos requisitos é definir LD_LIBRARY_PATH na biblioteca do Matlab.

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/runtime/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/bin/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/extern/bin/glnxa64

Funcionou, eu consegui executar o pacote python do matlab em python, mas o teste dos invólucros das classes C ++ falhou devido à mudança de LD_LIBRARY_PATH . Por exemplo, recebo o seguinte erro ao tentar importar a classe C ++ em python:

 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpython3.4m.so.1.0: undefined symbol: XML_SetHashSalt

Se eu cancelar a operação de LD_LIBRARY_PATH C ++, o MCR falhará. Então, a pergunta que LD_LIBRARY_PATH deve ser para executar as classes C ++ e o pacote python do Matlab com sucesso?

Eu tentei adicionar o caminho para aumentar as bibliotecas para LD_LIBRARY_PATH , mas não funcionou, então o valor env seria:

/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/runtime/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/bin/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/extern/bin/glnxa64

EDITAR

as dependências do arquivo da biblioteca C ++ antes de definir o LD_LIBRARY_PATH :

    linux-vdso.so.1 (0x00007ffcee0dc000)
    libpython3.4m.so.1.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpython3.4m.so.1.0 (0x00007f9d69e59000)
    libboost_python-py34.so.1.55.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libboost_python-py34.so.1.55.0 (0x00007f9d69c09000)
    libstdc++.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 (0x00007f9d698fe000)
    libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f9d695fd000)
    libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f9d693e7000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f9d6903c000)
    librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f9d68e34000)
    libexpat.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libexpat.so.1 (0x00007f9d68c0b000)
    libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f9d689f0000)
    libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f9d687d3000)
    libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f9d685cf000)
    libutil.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libutil.so.1 (0x00007f9d683cc000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f9d6a6c3000)

Depois de definir the LD_LIBRARY_PATH :

    linux-vdso.so.1 (0x00007ffc42e9b000)
    libpython3.4m.so.1.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpython3.4m.so.1.0 (0x00007fad9635b000)
    libboost_python-py34.so.1.55.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libboost_python-py34.so.1.55.0 (0x00007fad9610b000)
    libstdc++.so.6 => /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6 (0x00007fad95d8a000)
    libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007fad95a89000)
    libgcc_s.so.1 => /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64/libgcc_s.so.1 (0x00007fad95873000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007fad954c8000)
    librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007fad952c0000)
    libexpat.so.1 => /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/bin/glnxa64/libexpat.so.1 (0x00007fad95095000)
    libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007fad94e7a000)
    libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007fad94c5d000)
    libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007fad94a59000)
    libutil.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libutil.so.1 (0x00007fad94856000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fad96bc5000)

    

Answer 1

A única maneira que funcionou para mim é definir LD_PRELOAD e apontá-lo para a biblioteca do sistema. Então, meu ambiente atual seria:

LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/runtime/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/bin/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/extern/bin/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/opengl/lib/glnxa64
LD_PRELOAD=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libexpat.so

Portanto, no docker, criei um arquivo .matlab que contém as variáveis de env mencionadas. Em seguida, no dockerfile, adicionei o seguinte:

services:
  django: &django
    build:
      context: .
      dockerfile: ./compose/local/django/Dockerfile
    depends_on:
      - postgres
    volumes:
      - .:/app
      - shared_upload_tmp:/app_temp
      - media:/app/computation_server/media
    env_file:
      - ./.envs/.local/.django
      - ./.envs/.local/.postgres
      - ./.envs/.production/.matlab
    ports:
      - "8800:8000"
    command: /start

    

Answer 2

Você tem algumas opções:

1. Prefixe o caminho para as bibliotecas compartilhadas na instrução export acima (mais do que provável $LD_LIBRARY_PATH não está definido em seu sistema e, portanto, os únicos caminhos que estão sendo definidos são os explicitamente definidos em sua instrução de exportação.)

   export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib/:/usr/lib/:/usr/lib64/:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/runtime/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/bin/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/extern/bin/glnxa64
   

   Esta declaração export não será uma parte permanente de suas sessões de shell, a menos que você a adicione a .bashrc fyi.

2. Adicione o caminho da biblioteca do MATLAB a /etc/ld.so.conf.d/ e execute ldconfig para identificar os novos caminhos para o vinculador em seu sistema.

   (BTW eu estou supondo que o nome da biblioteca MATLAB . Você pode precisar tornar o nome do arquivo algo diferente de MATLAB , como todas as letras minúsculas ou outra coisa. Basicamente, precisamos do nome da biblioteca como é referenciado durante o processo de vinculação. Você pode inspecionar um arquivo de criação para ver como isso é referenciado.)

   # Add the file '/etc/ld.so.conf.d/MATLAB' with the following lines 
   /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/runtime/glnxa64
   /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/bin/glnxa64
   /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64
   /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/extern/bin/glnxa64
   

   Em seguida, execute ldconfig.

   sudo ldconfig
   

   Talvez seja necessário cancelar a configuração da variável $LD_LIBRARY_PATH para que o vinculador use o caminho de pesquisa normal do sistema e escolha o novo caminho de pesquisa para o MATLAB.

   unset $LD_LIBRARY_PATH
   

Answer 3

Eu tive problemas semelhantes na minha estação de trabalho. Para contornar isso, eu tinha criado uma pasta sob esse caminho /usr/lib/GLops , então eu extraí o GL libraries do Mesa rpms e coloque-os nesse diretório. Finalmente, adicionei as seguintes linhas a ~.tcshrc

setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/lib64/GLops/libGL.so
setenv LIBGL_ALWAYS_SOFTWARE 1
setenv LIBGL_ALWAYS_INDIRECT 1
setenv LIBGL_DIR3_DISABLE 1
setenv MESA_GL_VERSION_OVERRIDE 2.1

O caminho /usr/lib64/GLops/ contém os seguintes arquivos:

libGL.so  libGL.so.1  libGL.so.1.2.0  libxcb.so  libxcb.so.1  libxcb.so.1.1.0

As libs que tenho em /usr/lib64/GLops:/usr/lib/GLops