Um scaling-factor de 0 sob org.gnome.desktop.interface significa que o fator de escala deve ser detectado automaticamente, o que acontece ser 2 em sua configuração.
A configuração do fator de escala em gnome-tweak-tool altera uma configuração diferente que afeta apenas o dimensionamento das janelas gtk3 . Para que tudo seja dimensionado para 1 , você precisa alterar o scaling-factor sob org.gnome.desktop.interface :
gsettings set org.gnome.desktop.interface scaling-factor 1