Quando você faz cp -a 1/. 2 , ele está fazendo b primeiro, mas como b -> a já existe, o conteúdo de b é gravado em a . Então, a->b é considerado, o que resulta em sobrescrever a com o link simbólico a->b . Se você executar cp -a 1/. 2 novamente, deverá obter "Too many levels of symbolic links" .
Então, sim, cp segue os links simbólicos no destino. Você pode tentar --remove-destination , que resolve o problema corretamente para o seu MWE. No entanto, se você tiver links simbólicos como componentes de diretório no destino, eles não serão demolidos por --remove-destination .
A verdadeira questão é "por que fazer algo assim?" Eu só uso cp -a com um diretório vazio como destino. Além disso, os sistemas de arquivos que suportam --reflink=always também têm maneiras mais elegantes de clonar uma árvore de diretórios como backup.