Se você usou alguma solução de backup específica para seus arquivos, use o mesmo programa para restaurar o backup.
Desde que o backup tenha sido criado com as devidas permissões, você poderá usar rsync para copiar os arquivos e diretórios de volta.
$ rsync -av /path/to/backup/ $HOME/restored/
A -a flag para rsync é a abreviação de --archive flag, que preservará, entre outras coisas, permissões em arquivos e diretórios.
Se você tiver errado as permissões no backup ao criá-las, as permissões confusas serão copiadas fielmente por rsync .
Sugiro restaurar o backup em um subdiretório e não no topo do seu $HOME .