Como aconteceu na discussão sobre o relatório de erros -addversionno trunca atualmente as informações da versão no menor número.
eu tinha instalado
unison-2.48.3
no servidor e no cliente (copiando o binário), mas -addversionno estava procurando
unison-2.48
que não existia.
Como solução, criei o link simbólico unison-2.48 apontando para unison-2.48.3.
ln -s unison-2.48.3 unison-2.48
Agora funciona como esperado.