Isso dependeria de como você está especificando essa lista de pacotes que está surgindo. Se isso for feito especificando um pacote ou um conjunto que atraia muitas dependências, você construiria o pacote problemático e depois executaria o mesmo comando novamente. Nesse caso, o emerge não instalará pacotes que já estão mesclados.
Se, no entanto, você estiver fazendo uma coisa menos provável e especificando a lista de pacotes manualmente na linha de comando, será necessário remover manualmente os pacotes já mesclados da lista. Porque, até onde eu sei, não há parâmetros que excluam o material já mesclado.
Talvez seja possível fazer alguma mágica com o gentoolkit ou outro aplicativo auxiliar do portage-tools, mas infelizmente não estou muito familiarizado com eles.