Com bash:
c=1; for i in ./my*; do echo "$i" --out=$[c++].xml; done
Se tudo estiver correto, remova echo
.
Versão longa proposta pelo User Centimane :
counter=1
for i in ./my*; do
echo "$i" --out=$[counter++].xml
done
O counter++
aumentará seu contador a cada vez.