Eu acho que o seu problema é correr gnome-disks como root e com sudo . Este software destina-se a ser executado como usuário normal (em contraste com o gparted e outros) .
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Você pode simplesmente desativar de forma simples e automática a execução automática:
gsettings set org.gnome.desktop.media-handling automount false -
Você também pode desativar o recurso auto-open independentemente do automount com:
gsettings set org.gnome.desktop.media-handling automount-open false
Se você se sentir desconfortável com o terminal, poderá instalar dconf-editor com sudo apt install dconf-editor . Comece com Unity e navegue graficamente para org.gnome.desktop.media-handling e altere seu valor.
Se você quiser mais informações, consulte este link do wiki.
Espero que ajude.