O Makefile não é criado até você executar o script configure . Tente colocar o comando sed após a invocação de configure .
Eu não verifiquei se o sed edit está fazendo o que deveria ou não, mas a questão principal é provavelmente que o Makefile simplesmente ainda não existe naquele momento em seu script.
Em geral, eu evitaria sed -i , pois sua semântica é diferente para o GNU e BSD sed . É mais seguro para sed ... file >tmpfile && mv tmpfile file .