Execute o QasHctl no terminal ou no menu de aplicativos. (Eu sei que vem com UbuntuStudio, não tenho certeza sobre outros sabores.) Se não estiver instalado, basta executar:
sudo apt-get install qashctl
É a melhor ferramenta de mixagem que encontrei para ajustar as configurações da placa de som. Certifique-se de selecionar o dispositivo de mixagem correto à direita (provavelmente hw: card) e você deve encontrar "Headphone Playback Switch", "Headphone Playback Volume", "Front Playback Switch" e "Front Playback Volume" na árvore Mixer à esquerda. Entre esses dois conjuntos de controles, você deve obter som passando pelos fones de ouvido.