A razão é que o kernel é carregado a partir do flash ANTES que o sistema de arquivos seja montado. Você precisa
- conecte-se à porta serial (com USB-SERIAL-CABLE-F)
- reinicialize a placa e assista a saída serial.
- interrompa o gerenciador de inicialização
- carrega uma imagem do kernel diferente no ram (via tftp ou similar)
- transfira a imagem do kernel para o flash (não sobrescreva o kernel antigo)
- configure o bootloader para carregar a nova imagem.
Comandos reais dependem do gerenciador de inicialização usado. Sinta-se à vontade para pingar este tópico em caso de dúvida ...