De alguma forma, esse problema foi embora. Não sei qual dos seguintes itens corrigiu, mas eis o que fiz:
- Excluiu minha réplica local e os arquivos archive em
~/.unison
- Desinstalado, em seguida, reinstalado uníssono localmente (a mesma versão, 2.48.4)
- Adicionado
force = ssh://username@my-remote-server//home
à configuração para espelhar o servidor remoto - Depois de sincronizar, removi a opção
force
config e comecei como de costume
Agora, por qualquer motivo e apesar da incompatibilidade de versão, as permissões estão funcionando bem.