Sim, o setfacl deve fazer isso. Experimente o abaixo, isso funciona?
setfacl -m u:user:--- file
Onde:
-
-m
é modificar o arquivo / diretório ACL - usuário é o nome de usuário para o qual você deseja alterar a permissão
-
---
serão as permissões no, substituindo r, w, x - file é o nome do arquivo para o qual você deseja alterar as permissões