Manuseá-lo com diferentes contas de usuário pode ser a única maneira possível, pois os processos não possuem arquivos e, portanto, não podem ter uma cota de disco.
Para deixar ainda mais claro, na melhor das hipóteses você poderia gerenciar uma cota para os arquivos usados atualmente, você deveria desenvolver um patch do kernel, mas ainda perderia o sentido de rastrear os arquivos que foram escritos anteriormente e foi fechado como eles não estão sob sua responsabilidade.
Fazer esse patch com falhas também resultaria em considerável degradação do desempenho e não faria sentido em situações em que mais de um programa abrir o mesmo arquivo.
Por essas e muitas outras razões, isso teoricamente simplesmente não pode ser feito corretamente.